La iglesia de San Lázaro se ubicó desde sus inicios en la margen derecha del Río Rímac, “fue en un principio una modesta ermita destinada a la catequización de indios” que habitaban los matorrales del lugar. A mediados del siglo XVI se presentó un alarmante brote de lepra principalmente entre los esclavos negros de la ciudad, debido a las características de esta enfermedad los contagiados eran perseguidos y expulsados de la urbe. Escasos de recursos para tratar su enfermedad y al ser abandonados por sus amos se refugiaban en los matorrales y huacas que abundaban a las afueras, llevándolos en la mayoría de los casos a cometer robos y fechorías para poder subsistir. La necesidad de contar con un lugar adecuado donde cobijar y atender sus males se volvió imprescindible. En 1562 el Cabildo de Lima le otorga al espadero español Antón Sánchez los derechos de fundación de un leprosorio bajo la advocación de San Lázaro, en la otra banda del río. Para esto compró de su propio peculio unos solares al final del jirón Trujillo, llamado en esa época “Camino a Trujillo” que en aquel tiempo era el paso obligado de los viajeros hacia los valles del norte. Los terrenos adquiridos para la construcción del hospital comprendían aproximadamente 4 manzanas actuales, con los límites siguientes: desde la Av. Francisco Pizarro, entre las cuadras 2 y3, hasta la calle Chira, luego Purús, Chiclayo y la primera cuadra de Cajamarca. Las calles Sechura, Yutay y las cuadras 5 y 6 del Jr. Trujillo no existían. Esto comprendía la extensa huertas y corrales de la propiedad.