La antigua Iglesia de Nuestra Señora de los Desamparados se ubicaba en el área que actualmente colinda con la parte posterior de Palacio de Gobierno hacia la ladera del río. Según Antonia Duran (1994: 70,71), en el siglo XVII, el comerciante valenciano Bartolomé Calafé, pidió al Cabildo le autorizase construir en dicho lugar, una capilla dedicada a la Virgen de los Desamparados, patrona de Valencia, por lo que el Cabildo accedió a esta petición concediéndole veinticinco varas para la capilla y la sacristía. Años más tarde Úrsula Morales, hija del valenciano solicitó más terreno para la sacristía y posteriormente el jesuita Francisco del Castillo requirió más área para hacer una escuela que acogiese a niños desamparados. Según sostiene Duran (1994: 72), el virrey elogiaba la labor realizada por la Compañía de Jesús sobre todo con los esclavos negros y mulatos quienes trabajaban en los alrededores de los barrios de San Lázaro y Malambo y carecían de un convento cercano, de igual manera acudían allí los indios impedidos y enfermos de estos barrios. La Iglesia de Nuestra Señora de los Desamparados se bendijo un 30 de agosto de 1672, tal como se describe en el testimonio de Mugaburu, en el que se destaca su arquitectura así como su pronta edificación. Jorge Bernales (1972) sostiene que fue dicha iglesia la preferida del Conde de Lemos, quien antes de fallecer durante su agonía encomendó se guardase su corazón en ese templo. Posteriormente cuando la Iglesia fue derribada se trasladó su corazón a la Iglesia Jesuita de San Pedro. El templo de los Desamparados fue ejecutado entre 1669 a 1671 y como sostiene Bernales, (1972: 247) fue trazado por Manuel de Escobar, quien reflejó en “los Desamparados” los caracteres inconfundibles del barroco limeño, caracterizado por su portada principal de dos cuerpos, el primero compuesto de columnas y pilastras corintias con arco de medio punto y el segundo cuerpo con diseños mucho más elaborados. Su arquitectura interior de una sola nave y tres capillas laterales correspondían al tradicional “estilo jesuítico”.
